空间科学与应用技术研究院目前承担十三五国家重大科技基础设施“空间环境地基综合监测网”（简称子午工程二期）哈工大深圳综合站项目、国家自然科学基金重点项目、广东省重点领域研发计划“量子科学与工程”重大专项“单光子大气雷达关键技术研究”、深圳市海外高层次人才创新创业专项（孔雀团队）“卫星光谱遥感创新技术及其产业化”项目、“澳门科技一号卫星”标量磁强计载荷研制项目、国家自然科学基金面上项目、其它省市级科技项目以及来自企业的横向课题六十余项。建院三年以来，累计争取科研经费超过1.5亿元。

研究院主办了第四届全球华人空间天气科学大会，全国第一届数字空间研讨会，第十一次全国空间天气学研讨会暨全国第二届数字空间战略研讨会等多个国际、国内会议，并与美国、英国、澳门、香港等十多家著名大学和科研机构，及国内中国科学院、北京大学、清华大学、南方科技大学、武汉大学、中国科学技术大学、澳门科技大学、东方红海特、中兴通讯等大学、科研机构和企事业单位保持着密切科研合作关系。